水晶消磁净化烟熏消磁法
将水晶放在薰香草药之上（也可以使用有机天然香薰精油），也可以达到净化水晶的功效。可以选择使用鼠尾草或香柏草等香草薰香，来消除负能量、净化水晶。另外也有一些人喜欢用品质良好的沉香、檀香等来净化，特别适合一些不容易移动的大型晶石。
也有人会用精油涂抹在水晶之上进行净化，但请记得用水冲洗干净，以免沾染油污。
对于部份晶石，例如绿松石(Turquoise)、孔雀石(Malachite)、白松石(Howlite)等则不建议使用这种方法，因为晶石的缝隙较大，长时间烟熏之后会沾染烟雾的颜色。
水流法将水晶放在自然水流下约10分钟，让干净的水为水晶带来自然的能量。 只不过城市中的自来水很多时候被加入不同的化学物，所以比较建议选择天然山泉水。
水晶消磁净化水流法
将水晶放在自然水流下约10分钟，让干净的水为水晶带来自然的能量。只不过城市中的自来水很多时候被加入不同的化学物，所以比较建议选择天然山泉水，退而求其次，也可以考虑使用矿泉水或蒸馏水替代。
海盐法将纯天然的海盐倒入器皿中，再将水晶放在海盐中，海盐会散发出海洋的净化效果，取出后将海盐清理干净即可
