指纹是人类手指末端指腹上由凹凸的皮肤所形成的纹路，人人皆有，却各不相同。而每一块天然宝石也有着自己独特的标记，这个独特的标记就是我们所常说的内含物。宝石中的内含物指在宝石生长过程中由于自身或外界因素使宝石内部含有一些物质、生长现象、缺陷等特征。宝石中的内含物包括包裹体（气、液、固相物质）、解理、裂隙、双晶、生长纹、色带等。
包裹体是宝石矿物在生长过程中所捕获的，并包裹在晶体内的外来物质。包裹体被视为是每一颗宝石独一无二的“指纹”，它可以是细小的裂缝、共生矿物或是生长纹，在晶体生长时自然形成，这些包裹体不仅是鉴定宝石品种、产地的重要依据，同时也是宝石之美的重要构成部分。很多人将包裹体与瑕疵划为等号，那些追求完美的人，会喜欢净度高的彩色宝石，当然，也有一些人在包裹体的世界中，发现了不完美中的可爱之处。对于某些因包裹体所导致特殊光学效应的宝石，例如猫眼、星光，包裹体会增加宝石价值。
猫眼宝石晶体中有平行分布的“管状”包裹体，所以加工成弧面型宝石后，能对光产生集中反射，出现一条像猫眼“瞳眸”一样的光带，在聚光手电的照射下，转动的猫眼宝石会一开一合，酷似猫儿的眼睛，“猫眼”也因此得名。
星光宝石是宝石的一个特殊品种，具有”星光效应“，在点光源下可以看到如同星光一样的六条白色反射光带。由于红宝石的晶体生长特性，宝石内部有时会出现三组120度夹角平行排列的金红石纤维状包裹体，这三组包裹体的生长方向与晶轴垂直。
产自俄罗斯的乌拉尔山脉的翠榴石，特征为马尾状石棉包裹体，独有的马尾状内含物，宛若彗星光晕般放射。赞比亚Kafubu和Kagemmine区所产出的祖母绿通常还有金绿宝石晶体，磁铁矿，褐铁矿充填管状物的多相包裹体。由此可见，我们不应该简单粗暴的将宝石的包裹体等同于影响宝石品质的瑕疵，恰恰相反，包体经过一定次序的排列后，还会让宝石变得更加迷人。
